國研院動物中心台北中心於 2007 年 6 月，獲得「國際實驗動物管理評鑑及認證協會 (Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care International, AAALAC) 」授予 AAALAC 「完全認證」 (Full Accreditation) ，南部設施與臨床前手術及照護設施亦分別於 2010, 2016, 2020 年通過 AAALAC 認證，代表本中心具備符合國際水準的動物管理照護制度，重視實驗動物生命與福祉。

有鑒於國內各單位對實驗動物疾病診斷日益重視，為提供優良品質的技術服務，國研院動物中心於台北中心建立「實驗動物診斷實驗室」，實驗室依 ISO / IEC 17025 規範管理，並以標準化作業程序進行檢測與產出報告，獲得「全國認證基金會」 (TAF) 認證通過，通過認證項目列出如下：

實驗動物診斷實驗室 （實驗室編號：1449）
項目	類別
1	病原專一性抗體 ELISA 檢測
2	外寄生蟲蟲卵檢查 / 型態鑑別
3	蟯蟲蟲卵檢查 / 型態鑑別
4	腸內原蟲 (型態鑑別)
5	腸內蠕蟲 (蟲卵檢查) / 原蟲 (形態鑑別)

國研院動物中心生物相容性測試實驗室於 2019 年通過「OECD優良實驗室操作(Good Laboratory Practice，GLP) 符合性登錄資格」，所執行醫療器材植入皮下、肌肉、骨頭與腦部之安全性驗證，具備「高品質、嚴謹管理與可重複性」，出具之報告可為各國所接受，減少重複檢測，達成「一次測試，適用於各地評估」的成效，協助跨國佈局的醫材產業，加速產品驗證之進程。