RMRC台南分庫(RMRC-TAN)位在台南市新市區台南科學工業園區的國研院動物中心南部設施；台南分庫主要功能為備份台北總庫的所有小鼠種原，以避免天災人禍造成的損失。台南分庫也可為在國研院動物中心南部設施使用動物代養繁殖服務的客戶進行種原冷凍保存、淨化等技術服務，如此可更快速的為代養客戶提供更即時的服務。

研究人員若有動物實驗需求，需要自國外引進種原，但因動物飼養空間有限而無法執行後續生產者，可透過RMRC台北總庫申請種原進口服務搭配南部設施的代養服務。讓進口後的動物在南部設施直接進行檢疫、淨化(如需要)、代養繁殖，並於飼養繁殖期間搭配代養服務提供之基因型鑑定、代謝籠等服務，使用南部設施之高規格動物房、受過訓練之飼養員及專業獸醫師、動物定期健康監測、鄰近動物房之操作室，以及完善之各項軟硬體設施環境。繁殖出的無特定病原 (specific pathogen free, SPF) 等級實驗鼠，可直接在南部設施的開放型實驗室進行相關實驗操作，節省實驗所需空間與往返所需時間。

當實驗完成後，尚可申請進行種原冷凍保存與公開寄存服務，即可免費保存初代種原避免基因漂變以及避免疾病或人為因素而斷種外，更可減少活體飼養所需之成本及空間，於日後有實驗需求時再次申請解凍復育。

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